I dintorni di Girona erano già abitati da popolazioni iberiche prima dell'epoca romana. Il romani ne costruì uno cittadella, quale è il nome Gerunda ricevuto. Successivamente la regione fu abitata dal Visigoti fino a quando questi furono sconfitti dal Mori. Conquistato nel 785 Carlo Magno la città e ne fece una delle quattordici contee catalane. Più tardi, nell'anno 878, Gerona divenne una contea all'interno di Barcellona. Nel XI secolo ha ottenuto il funzionario della città carta della città del re Alfons I., dal Impero di Aragona. Nel 1351 la contea divenne un ducato sotto il governo del duca Giovanna, figlio del re Pietro III d'Aragona. Nel 1414 ottenuto re Alfonso V d'Aragona, figlio di Ferdinando I, il titolo Principe di Girona. Oggi questo titolo è portato da Felipe VI di Spagna.
Nel XII secolo e XIII secolo Girona era fiorente ebraico community, con una delle più importanti dell'epoca cabalistico scuole d'Europa. Il rabbino da Girona del XIII secolo, Moshe ben Nachman (meglio conosciuto con il nome Nachmanide o Ramban), fu poi nominato Gran Rabbino di Catalogna. Questa ascesa ebraica terminò bruscamente 1492, quando tutti gli ebrei furono espulsi dal paese dai re cattolici attraverso l'infame Inquisizione spagnola. Il quartiere ebraico di Gerona è uno dei più belli ed estesi d'Europa, ed è visitato da molti turisti.
Girona fu assediata 25 volte e conquistata sette volte. Nel XVII secolo la città fu occupata dall'esercito reale francese guidato dal maresciallo Hocquisicourt (1653), dal maresciallo Bellefonds (1684) e due volte da Noailles. Nel maggio 1809 la città fu attaccata da 35mila soldati Napoleone. La città potrebbe posticipare la resa di sette mesi, ma alla fine si arrese il 12 dicembre 1809. Le mura difensive che racchiudevano la città furono costruite alla fine del XIX secolo demolita in modo che la città potesse crescere ulteriormente.
Negli ultimi anni la cinta muraria è stata completamente ristrutturata e il lato est è stato ricostruito, in modo che l'intera cinta muraria possa ora essere calpestata nel suo stato originale.
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