Il nome della cittadina deriva dal latino "Limen" ovvero confine, ma più comunemente lo si abbina al nome dell'agrume tipico locale: il limone. Le prime notizie storiche sui popoli del Benaco (antico nome del Lago) risalgono all'epoca neolitica (nella vicina Valle di Ledro si possono osservare ancora oggi testimonianze preistoriche di palafitte risalenti all'età del bronzo). Risale al 600 a.C. l'insediamento nella zona delle popolazioni celtiche dei Galli Cenomani, sottomessi nel 2° secolo a.C. ai Romani. In seguito gli avvenimenti storici di Limone rispecchiano la Storia delle grandi Comunità del Nord Italia: dai Longobardi, alla venuta di Carlo Magno, alla Repubblica Veneziana, all'Impero Austro-Ungarico, all'Italia Risorgimentale, alle vicende delle Guerre Mondiali, finoall'avvento della Repubblica Italiana. Determinante per lo sviluppo socio-economico e culturale di Limone, fu però il dominio della Repubblica di Venezia a partire dalla prima metà del 15° secolo d.C.. Grazie alla capacità amministrativa ed all'intraprendenza commerciale che caratterizzava la politica della Serenissima, Limone passò da una semplice economia rurale legata alla coltivazione di olivi e alla pesca, ad altre forme di attività.
Iniziò così la costruzione delle limonaie: apposite serre che consentirono la produzione, favorita dal clima particolarmente mite anche d'inverno, di limoni, di cedri e di aranci, che la Serenissima esportò in tutti gli Stati Europei. Queste serre erano costruite sottraendo ampi spazi terrazzati alla montagna, perimetrando il sito con alte muraglie per difendere i preziosi agrumi dai venti di nord-ovest. I caratteristici pilastri in muratura ordinatamente allineati servivano per sostenere le travi di abete per la copertura invernale di tutta la struttura. Prima dell'interramento il fondo della serra veniva isolato con un ampio strato di calce per evitare dispersioni d'acqua fornita dall'immancabile vicina sorgente e l'irrigazione avveniva con un ingegnoso sistema di canali.
Restava il problema della terra: quella locale non era adatta in quanto troppo ghiaiosa, calcarea e povera di elementi, per cui si ovviò riportando con barconi dalla sponda veneta del Basso Lago terra più acida, argillosa e ricca di elementi.
Va considerato che Limone è il paese più settentrionale al mondo in cui si possono coltivare agrumi. Un'importante testimonianza sulle limonaie, la troviamo fra le pagine del diario del grande scrittore e poeta tedesco Johann Wolfgang GOETHE (Francoforte 1749 - Weimar 1832) che nel settembre del 1786, passando in barca, visitò Limone e restò estasiato alla vista delle grandi serre di agrumi che gli ispirarono i versi iniziali della sua famosa poesia:
"Conosci il paese dove fioriscono i limoni?".
Nell'800, durante il periodo asburgico, oltre alla fiorente attività di produzione degli agrumi ne seguirono altre quali la produzione di magnesia (Via Benedetto Croce), della carta (località Milanesa), della calce (Valle del Sìngol - Reamòl) e, sempre favorita dal clima propizio, l'allevamento dei bachi da seta. Le vicende storico-politiche del periodo bellico 1915-18 coinvolsero pesantemente Limone e tutte queste attività allora fiorenti subirono un brusco declino in quanto, per motivi militari (confine fra il Regno d'Italia e l'Impero Austro-Ungarico), la popolazione venne evacuata per alcuni anni. In seguito il progresso privilegiò le località servite dai moderni mezzi di comunicazione propri di questo secolo, mentre Limone, raggiungibile esclusivamente via monti o lago, ritornava a basare la propria economia sulla pesca e sull' allevamento di olivi. Solo nel 1932 venne finalmente collegata ai paesi limitrofi allorché fu terminata la caratteristica strada Gardesana Occidentale.
Finirono così anni di isolamento e di confine.
L'economia locale iniziò a trasformarsi nell'immediato dopoguerra, grazie all'afflusso dei primi turisti provenienti dalle regioni del Nord Europa. Gli abitanti di Limone iniziarono un lento ma costante sviluppo, trasformando il piccolo paese di pescatori nell'odierno centro turistico fra i più importanti del Lago di Garda.
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