La Biblioteca Vaticana possiede una delle raccolte di testi manoscritti e libri rari più vaste ed importanti al mondo. Oltre a questo, al suo interno si trova anche un'importante collezione di carattere storico, artistico ed archeologico che fa parte dei Musei Vaticani. L'area museale della biblioteca è divisa in ben 13 sezioni. • Museo Profano: vi si conservano le antichità etrusche e romane. • Galleria Clementina: vi sono esposti alcuni bozzetti artistici del XVII secolo. • Sala Alessandrina, Sale Paoline, Salone Sistino e Sale Sistine: in questi locali, tutti finemente affrescati da maestri pittori del '500 e del '600, sono raccolti alcuni doni ricevuti dai pontefici nel corso dei secoli. • Galleria di Urbano VIII: in origine vi venivano conservate alcune importanti collezioni librarie del Medioevo, ma oggi vi sono esposti mappamondi, planisferi ed altri strumenti di misurazione legati alla cosmologia e alla cosmografia. • Museo Sacro: allestito per ospitare oggetti e reperti provenienti dalle catacombe di Roma, vi si trovano anche i busti in bronzo di alcuni illustri bibliotecari. • Sala dei Papiri: i papiri che erano originariamente collocati in questa sala sono stati sostituiti da alcune riproduzioni. • Sala delle Nozze Aldobrandine: vi sono esposte diverse pitture murali rinvenute duranti vari scavi archeologici, tra queste spicca proprio l'affresco delle Nozze Aldobrandine trovato all'Esquilino. • Sala degli Indirizzi: ospita la collezione di vetri romani e paleocristiani del Vaticano assieme ad altri oggetti preziosi in smalto e avorio. • Cappella di San Pio V: vi si trovano alcuni reliquiari molto antichi, risalenti al VI secolo. • Sala degli Indirizzi di Pio IX: qui trovano spazio molte stoffe, paramenti liturgici e reperti archeologici provenienti da Pompei nonché le originali porte di legno intagliato della Loggia di Raffaello.
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